Речная сеть территории района принадлежит к бассейну Карского моря. На территории района объектами рыболовного промысла являются более 2 тысяч рек и озёр, а главной водной артерией является река Конда. Река Конда пересекает район с северо-запада на восток, имеет множество притоков, основные её крупные притоки: Юконда, Большой Тап, Кума. Озёрность составляет до 5%. Особенностью водосбора Конды является его исключительная заболоченность. На всей территории района Конда является типично равнинной рекой с небольшим уклоном. В долине реки находятся озера-старицы - вытянутые, дуговидной и серповидной формы, наследующие древние русла рек. Они сохраняют связь с рекой через проток: крупное проточное приустьевое озеро-сор Кондинский сор и озера - туманы - Леушинский туман, Турсунский туман.

На территории района земли водного фонда составляют 441,5 тыс.га. Фонд рыбохозяйственных водоемов района составляет: 49778 наименований озёр, 1373 реки и протоки.